A cross-sectional overview of SARS-CoV-2 genome variations in Turkey

Ergünay, Koray Kaya Mücahit Serdar Muhittin Akyön Yakut Yılmaz Engin

We assessed SARS-CoV-2 genome diversity and probable impact on epidemiology, immune response and clinical disease in Turkey.Complete genomes and partial Spike (S) sequences were accessed from the Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) database. The genomes were analysed for variations and recombinations using appropriate softwares.Four hundred ten complete genomes and 206 S region sequences were included. Overall, 1,200 distinct nucleotide variations were noted. Mean variation count was 14.2 per genome and increased significantly during the course of the pandemic. The most frequent variations were identified as A23403G (D614G;92.9,%), C14408T (P323L, 92.2%), C3037T (89.8%), C241T (83.4%) and GGG28881AAC (RG203KR, 62.6%). The A23403G mutation was the most frequent variation in the S region sequences (99%). Most genomes (98.3%) belonged in the SARS-CoV-2 haplogroup A. No evidence for recombination was identified in genomes representing sub-haplogroup branches. The variants B.1.1.7, B.1.351 and P.1 were detected, with a statistically-significant time-associated increase in B.1.1.7 prevalence.We described prominent SARS-CoV-2 variations as well as comparisons with global virus diversity. Continuing a molecular surveillance in agreement with local disease epidemiology appears to be crucial, as vaccination and mitigation efforts are ongoing. (English) [ABSTRACT FROM AUTHOR] Türkiye kaynaklı SARS-CoV-2 genomik dizi çeşitliliğinin ve epidemiyoloji, bağışık yanıt ve hastalık seyri üzerine muhtemel etkili varyasyonların incelenmesi.“Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data” (GISAID) veri tabanında yer alan tüm genom ve “Spike” (S) bölgesine ait verilere ulaşılarak uygun yazılımlar yardımıyla varyasyon ve muhtemel rekombinasyonlar araştırıldı.Toplam 410 tam genom ve 206 S bölgesi dizisi incelendi, 1200 farklı nükleotid düzeyinde varyasyon saptandı. Genom başına toplam varyasyon ortalaması 14.2 olarak hesaplandı ve salgının ilerleyişi süresince istatistiksel olarak anlamlı artış izlendi. En sık saptanan varyasyonlar A23403G (D614G;92.9,%), C14408T (P323L, 92.2%), C3037T (89.8%), C241T (83.4%) ve GGG28881AAC (RG203KR, 62.6%) olarak sıralandı. S bölgesi dizilerinde de A23403G, en yaygın varyasyon (%99) şeklinde izlendi. Íncelenen genomların sıklıkla (%98.3) SARS-CoV-2 A haplogrubuna ait olduğu görüldü. Alt haplogrupları temsil eden genomlarda yapılan incelemelerde rekombinasyon bulgusu saptanmadı. Çalışma grubunda B.1.1.7, B.1.351 ve P.1 varyantları tespit edildi. B.1.1.7 prevalansında izlenen zamanla ilişkili artış, istatistiksel olarak anlamlı bulundu.Çalışmada ülkemiz kaynaklı SARS-CoV-2 genomlarında belli başlı varyasyonlar belirlenmiş ve küresel virüs çeşitliliği ışığında değerlendirilmiştir. Kontrol ve aşılama çalışmaları ile eşzamanlı olarak önemli varyantların tanımlanabilmesi için, bölgesel epidemiyoloji ile uyumlu moleküler sürveyans çalışmaları sürdürülmelidir. (Turkish) [ABSTRACT FROM AUTHOR] Copyright of Turkish Journal of Biochemistry / Turk Biyokimya Dergisi is the property of De Gruyter and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)